Факультет был основан в 1956 году и обладает высокоавторитетной историей в подготовке квалифицированных специалистов. Выпускники факультета успешно работают в высших учебных заведениях республиканского и регионального уровней, в различных сферах системы образования, народного хозяйства, а также за рубежом. В разные годы деканами факультета являлись: доцент А. Каххоров (заведующий отделом), старшие преподаватели С. Шодиев, Ч. Кузиев, Ш. Базаров, Т. Садиков, Н. Шарипов, Ж. Тошев, Б. Хайриддинов, А. Ташатов, А. Холмурадов, Б.Куйлиев. В настоящее время руководство факультетом осуществляет кандидат технических наук, доцент Н. Эшкораева. На сегодняшний день в структуре факультета функционируют следующие кафедры: Mатематического анализа и дифференциальных уравнений, Aлгебры и геометрии, Прикладной математики, Алгоритмов и технологий программирования. Факультет математики и компьютерных наук создан в соответствии со структурой Каршинского государственного университета, утверждённой приказом Министерства высшего и среднего специального образования Республики Узбекистан от 22 сентября 2021 года.