По специальности 05.01.07 – «Математическое моделирование, численные методы и комплексы программ» действуют 4 PhD (базовая докторантура), по специальности 01.01.01 – «Математический анализ» – 3 PhD (базовая докторантура), по специальности 01.01.02 – «Дифференциальные уравнения и математическая физика» – 2 PhD (базовая докторантура), а по специальности 01.01.05 – «Теория вероятностей и математическая статистика» – 1 PhD (базовая докторантура) функционирует.